Laboratorio di filogenesi molecolare e trascrittomica comparata

Filogenesi Molecolare e Trascrittomica Comparata
Stanza S19, secondo piano

Terzo edificio di Scienze

Responsabile Prof. Adriana Canapa

Le linee di ricerca che vengono svolte in questo laboratorio riguardano:

Studio delle relazioni evolutive degli organismi: Analisi filogenetiche basate sull’utilizzo di marker molecolari genomici e mitocondriali.
Genomica comparata: Analisi di geni specifici e famiglie geniche al fine di chiarire i rapporti di ortologia tra geni e comprendere la storia evolutiva che ha interessato la famiglia genica. In questo ambito le ricerche si sono concentrate in organismi chiave dell’evoluzione dei vertebrati come i sarcopterigi basali (celacanti, dipnoi e anfibi) ed in particolare sui geni Hox e ParaHox, i geni dello sviluppo e della determinazione sessuale, geni coinvolti in pathway/strutture che hanno consentito il passaggio dall’acqua alla terraferma, geni della vitellogenina.
Studio degli elementi trasponibili: impiego di un approccio trascrittomico per valutare l’attività trascrizionale di questi elementi genetici mobili in risposta a specifiche condizioni ambientali, soprattutto in relazione ai cambiamenti climatici e agli impatti antropici sugli ecosistemi, visto il loro ruolo nel favorire l’adattabilità e la resilienza delle specie. L’obiettivo è quello di identificare i meccanismi alla base della capacità di adattamento in particolare nei vertebrati e in organismi modello.
Conservazione della biologia: Mediante tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS), come ddRAD-Seq o sequenziamento del genoma (WGS), vengono analizzate la diversità genetica e la struttura delle popolazioni di specie di interesse (es. Chamelea gallina e Apis mellifera nel Parco del Conero), mettendo in relazione i dati genetici con tratti fenotipici e parametri ambientali, anche in un’ottica di gestione sostenibile delle risorse e conservazione della biodiversità.
Progetti di ricerca in atto: •    Seeds&Bees (finanziato dalla Fondazione Cariverona): studio di popolazione attraverso analisi genetiche Apis mellifera nel Parco del Conero
•    Studio di popolazione attraverso analisi genetiche del mollusco bivalve Chamelea gallina
•    Progetto Habitat Praterie secondarie (finanziato dalla Fondazione Cariverona)
•    Analisi trascrittomiche di elementi trasponibili di vertebrati

Strumentazione

Centrifuge: Beckman Microcentrifuge E
Centrifuge: Eppendorf 5415R
Centrifuge: Heraeus Biofuge primo
Thermal cyclers: Bio-Rad Mycycler
Speedvaq: Eppendorf Concentrator 5301
Transilluminator: Bio-Rad GelDocXR
Power supply for electrophoresis: Bio-Rad powerpac300
Horizontal electrophoresis chambers: Bio-Rad Subcell GTand Bio-Rad Minisubcells GT
Vertical electrophoresis chamber: Bio-Rad Sequi-GEN Sequencing Cell